纯净水出现在市面上之后一直都备受争议。纯净水干净、清洁不含细菌，但是饮用纯净水在净化的时候把水中有益的成分和矿物质一起过滤掉了，所以纯净水的危害主要在于，如果只喝纯净水会导致微量元素和钙、镁等元素的缺乏。而且，一些纯净水在过滤的时候会改变水的分子结构，导致吸收量下降，这就是为什么有的时候非常口渴但是喝纯净水却不解渴。
人们常常喝的纯净水都是桶装纯净水，桶装纯净水就存在更大的风险了。长期喝桶装纯净水不仅仅会缺少人体必需的微量元素，还可使儿童生长发育迟缓、智力低下，成年人容易患上动脉硬化、心脑血管病、糖尿病、高血压等等疾病。市面上早已爆出一些不良商家生产的“黑桶装水”，不仅不干净，如果饮用存放了3天以上的桶装纯净水，还会导致人体的细胞的新陈代谢速度明显减慢，提前衰老。
人体的体液是微碱性，而纯净水是呈弱酸性，如果长期饮用微酸性的水，体内环境将受到破坏，长期饮用会降低人体的免疫力。纯净水偶尔喝喝可以，但不宜作为家庭桶装水长期饮用。对于老年人，特别是患有心血管病、糖尿病的老年人，还有儿童、孕妇等特殊人群来说，就更加不宜多喝纯净水了。