任何一种手术都有风险，作为一种规模相对比较大的手术，前列腺癌根治术当然也不例外。该手术可能会引起很多种并发症，严重者甚至可能造成死亡。但总体而言，这些严重并发症的发生率较低，且与患者的一般情况及术者的经验有关。
具体而言，除了一般手术所共有的风险（心脑血管意外、麻醉意外、切口感染等）外，主要的风险有术中严重出血、直肠损伤、术后阴茎勃起功能障碍、术后切缘阳性、永久/暂时性尿失禁、膀胱尿道吻合口狭窄、尿道狭窄、深部静脉血栓、淋巴囊肿、尿瘘、肺栓塞等。
腹腔镜前列腺癌根治术还可能出现沿切口种植转移、转行开腹手术、气体栓塞、高碳酸血症等。另外，在进行盆腔淋巴结清扫术时有可能不慎损伤闭孔神经，术后患者会出现行走异常等情况。